Преподобный Стефан Махрищский был родом из Киева. Он принял иночество в Печерской обители, где несколько лет провел в подвигах послушания и молитвы. Притеснения папистов заставили его перейти в Москву, где его с любовью принял великий князь Иоанн II (1353–1359), разрешивший ему поселиться в местечке Махрище, недалеко от Городища, в 35 верстах от Сергиевой пустыни.

Поставив себе келлию и проводя жизнь в трудах пустыннических, он, дорожа безмолвием, не принимал желавших присоединиться к нему, но потом уступил просьбам и, таким образом, в 1358 году основал обитель, в которой был поставлен игуменом.

Жившие близ его обители братья Юрковские, боясь, что земля, которой они владели, может быть отдана монастырю, грозились убить святого подвижника. Увещания преподобного не помогали. Тогда святой Стефан удалился в другое место. В шестидесяти верстах севернее Вологды, на реке Авнеже, он основал с учеником Григорием пустынную обитель во Имя Святой Троицы. Великий князь Димитрий Иоаннович прислал книги и другие пожертвования в Авнежскую пустынь, а преподобного Стефана послал обратно в Махрищский монастырь. Возвратившись в свою обитель, святой Стефан устроил в ней жизнь по общежительному уставу.

Когда Преподобный Сергий Радонежский удалился из своей обители, чтобы найти место для подвигов, то его принял преподобный Стефан, который дал великому подвижнику Сергию своего ученика Симона, хорошо знавшего окрестности. Преподобный Сергий поселился вместе с Симоном на острове Киржач, где и основал обитель.

Святой Стефан был строг к себе и снисходителен к другим, трудился он для обители больше всех; усердно наставлял братию путям спасения кроткими и тихими речами; одежду носил самую ветхую и грубую.

Дожил преподобный до глубокой старости, принял схиму и скончался в 1406 году 14 июля. При построении нового каменного храма во Имя Святой Троицы в 1550 году его святые мощи обретены нетленными. Они прославились явлениями благодатной помощи в различных болезнях и бедах всем призывающим имя святого.